Balai Bahasa Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta berkedudukan sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) di lingkungan Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah Republik Indonesia (Kemendikdasmen), berada di bawah Badan Pengembangan dan Pembinaan Bahasa. Dalam melaksanakan tugasnya, secara teknis dan administratif Balai Bahasa Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dibina oleh dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Pengembangan dan Pembinaan Bahasa. Sementara itu, Badan Pengembangan dan Pembinaan Bahasa berkedudukan sebagai unsur pelaksana tugas tertentu Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi.
